1、热力消毒法
热力消毒包括纯蒸汽灭菌、80度巴氏消毒和过热水消毒等。纯化水系统的离子交换树脂、反渗透、电渗析、电法去离子等装置一般不宜采用高温消毒，否则会产生老化、破碎或损坏。
2、紫外消毒法
用于消毒的紫外光波长分别为254nm及185nm，常用波长地254μm左右区段的紫外线对纯化水消毒，它能降低水系统新菌落的生成速度，但对于浮游生物来说，它仅是部分有效，通过照射，它杀灭水中微生物的量不超过90%。因此，它的穿透力较差，故其石英管应定期清洁。
3、化学消毒法
化学方法消毒的材料种类很多，较常见的有氧类和氯类。氯类氧化剂有液氯、次氯酸钠、次氯酸钙、二氧化氯等;氧类氧化剂有臭氧、过氧化氢和高锰酸钾等。臭氧是一种强氧化剂，在水处理系统中对除臭、脱色、杀菌，除酚、氰、铁、锰等都有明显效果。考虑到化学方法消毒对纯化水系统的残留问题，目前臭氧消毒在国内药厂的纯化水装置中有较多的应用。
消毒是一种控制水系统微生物污染的重要手段，较常见的就有以上这三种消毒法。对于纯化水设备还要建议大家了解一下为什么纯化水设备要设置自动冲洗功能等内容。
